(1)延長時間の限度

36協定を締結すればいくらでも残業が可能になるものではなく、時間外労働には上限が設けられています。その上限は次のとおりです。

（２）の臨時的な特別の事情があるため、原則となる時間外労働の上限時間（月45時間・年360時間）を超えて時間外労働を行わせる必要がある場合には、さらに以下の事項について協定し、36協定届（様式第9号の2）を労働基準監督署に届出する必要があります。

（厚生労働省「時間外労働の上限規制　わかりやすい解説　2019年4月施行」）

「臨時的な特別の事情がある場合」とは、通常予見することのできない業務量の大幅な増加など、臨時的な特別の事情がある場合に限られます。 できる限り具体的に定める必要があり、「業務の都合上必要な場合」や「業務上やむを得ない場合」など、恒常的な長時間労働を招くおそれのあるものは認められません。

実務においては、この臨時的・特別の事情が適切でない場合、労働基準監督署から指導されることがありますので注意が必要です。

(2)有効期間と自動更新条項

36協定の有効期間は、「定期的に見直しを行う必要があると考えられることから、有効期間は１年とすることが望ましい」（平11・3・31基発169）とされています。実務的にも、多くの企業が有効期間を１年としています。また、36協定を更新しようとするときは、使用者はその旨の協定を所轄労基署長に届出ることで足りるとしています。 さらに、36協定に自動更新条項を設けることができるかという点については、可能ではありますが、当該協定の更新について、労使両当事者のいずれからも異議の申出がなかった事実を証する書面を届け出る必要があります（昭和29年6月29日基発第355号）。

(3)届出様式と本社一括届出

36協定は、「36協定届」（様式第9号・様式第9号の2）にて、労働基準監督署長に届け出る必要があります。基本的には、労使で締結した「36協定書」の内容を「36協定届」（様式第9号・様式第9号の2）に記載して、労働基準監督署に届け出ます。つまり、「36協定書」は労使の話し合いにより締結された時間外・休日労働に関する協定を意味し、この「36協定書」を労働基準監督署に届け出るものが「36協定届」です。しかし、「36協定届」に労働者代表の押印等を加えることにより「36協定書」とすることは可能とされています（昭53.11.20基発642、最終改正平11.3.31基発168）。そのため、多くの企業では「36協定届」だけを締結しているのが現状です。なお、「36協定届」だけを締結している企業は、記名押印・署名の省略はできません。ただし、労働基準監督署へ届出する際には、押印省略が認められています。

(4)本社一括届出

一定の条件を満たす場合には、本社での一括届出が可能です。一括届出を書類で行うためには、事業所の労働者の過半数が組織されている労働組合があることが条件となります。また、本社の労働基準監督署長に届出を行う際には、本社を含む全ての事業所の分の協定書を提出する必要があります。一方、電子申請の場合は、労働組合がなくても本社一括届出が可能になりました。これは、法改正により「令和3年3月末から、事業場ごとに労働者代表が異なる場合であっても、電子申請に限り36協定の本社一括届出が可能」とされたことによるものです。支店等がいくつもある企業では、効率化のために、電子申請による本社一括届出を活用することをお勧めします。